火车进站的时候禁止使用厕所的原因如下：

1.因为火车中的污物是直接排放到铁路轨道上，因此为了保证车站轨道的环境，当火车进站时禁止使用厕所；

2.火车厕所所排放的污物是借助行驶的速度使污物分散开来便于风干，而火车进站时的速度缓慢，不利于污物的排放，所以火车会禁止使用厕所。